要下载NCBI Gene数据库中所有Gene ID的FASTA格式序列，可以使用以下方法：

使用Entrez Direct命令行工具

1. 安装Entrez Direct:

conda install bioconda::entrez-direct

2. 使用Entrez Direct下载FASTA格式序列:

  esearch -db gene -query "(Triticum aestivum ribosomal RNA) AND \"Triticum aestivum\"[porgn:__txid4565]" | elink -target nuccore | efetch -format fasta > wheat_rRNA.fasta

这个命令将会搜索“wheat rRNA”基因，并链接到核酸序列数据库，然后下载FASTA格式的序列。

手动步骤

1. 搜索并选择基因: 在NCBI Gene页面搜索并选择目标基因。
2. 点击“GenBank”链接: 进入详细的核酸序列页面。
3. 下载FASTA格式:
   • 点击“Send to”按钮。
   • 选择“File”选项。
   • 选择“FASTA”格式。
   • 点击“Create File”进行下载。

目前发现手动步骤无法找到fasta格式，只能用Entrez Direct命令行工具

如果有具体的基因ID或需要进一步帮助，请提供详细信息。