全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列

1. 运行实例

# -d 样本根目录
# -s 样本名称
python trim_fastq.py -d /result/WES/sample -s sample

2. fastqc质控报告与去接头、低质量序列主程序

1. 对raw fastq和clean fastq生成质控QC报告
2. trim_galore去接头、低质量序列和引物序列
3. 多线程运行
4. python封装，参数调用

# trim_fastq.py
import os
import optparse
import configparser
from threading