1、准备蛋白质的受体的pdb文件、config信息

利用autodock

AutoDockVina安装 + 分子对接（docking）教程 + smiles2pdb2pdbqt_批量分子对接-CSDN博客

2、准备小分子的sdf/pdb/smiles文件

情况一：smiles文件

smiles --> pdb

直接利用：F:\pythonProject\Pycharm_workspace\gypsum_dl-1.2.0\smiles2pdb_sdf.py

即可将smiles转为pdb文件

情况二：sdf文件：

 直接进行下一步

情况三：pdb文件：

直接进行下一步

3、准备小分子的pdbqt文件

pdb --> pdbqt

直接利用：F:\pythonProject\Pycharm_workspace\gypsum_dl-1.2.0\docking\pdb2pdbqt.py

4、进行GPU对接

使用unidock进行对接

直接利用：D:\Pycharm_workspace\MolImageGeneration\Uni-Dock\run_dock_new.py