01 Skewer 介绍

Skewer（来自于 SourceForge）实现了一种基于位掩码的 k-差异匹配算法，专门用于接头修剪，特别设计用于处理下一代测序（NGS）双端序列。

fastp安装及使用-fastp v0.23.4（bioinfomatics tools-002）-CSDN博客

特性

• 检测并去除接头序列
• 支持模式匹配中的插入和删除
• 适用于单端、双端（PE）和长配对（LMP）读取
• 对带条形码的测序结果进行去重
• 支持多线程
• 基于 Phred 质量分数进行修剪
• 支持条形码和接头中的 IUPAC 字符
• 支持压缩输入和输出
• 支持从二进制文件安装

02 安装

2.1 从二进制文件安装

1. 将 skewer 复制到你喜欢的 BIN 目录，并确保正确设置 PATH 环境变量。例如：

   $ mkdir -p ~/bin
   $ cp -p skewer ~/bin/
   $ echo 'export PATH=~/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
   $ source ~/.bashrc
   

2.2 从源代码安装

1. 进入源代码目录，然后运行以下命令：

   $ make
   $ sudo make install
   

03 Skewer 使用说明

Skewer（一个快速且精确的接头修剪工具，适用于双端读取）

使用方法：

skewer [options] <reads.fastq> [paired-reads.fastq]或者
skewer [options] - （从 STDIN 获取输入）选项说明（括号中的数字为默认值）：
接头：
-x <str>：接头序列/文件（默认：AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC）
-y <str>：双端读取的接头序列/文件（默认：AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTA），如果只指定 -x，则隐式使用。
-M, --matrix <str>：指示有效接头配对的文件（所有为 1 的矩阵）。
-j <str>：Nextera Mate Pair 读取的接头序列/文件（默认：CTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGAGACAG）。
-m, --mode <str>：修剪模式；
单端：head：5' 端；tail：3' 端；any：任何位置（默认：tail）
双端：pe：双端；mp：mate-pair；ap：amplicon（默认：pe）
-b, --barcode：根据接头/引物去重条形码（默认：no）
容错：
-r <num>：允许的最大错误率（标准化错误数/对齐区域长度）[0, 0.5]（默认：0.1）
-d <num>：允许的最大插入/删除错误率（默认：0.03）
-k <int>：接头检测的最小重叠长度 [1, inf)；（单端的最大值：max(1, int(4-10*r))；mate-pair的值为<junction length>/2）
修剪：
-c, --cut <int>,<int>：强制修剪掉 5' 端引物作为条形码（在放大模式下）（默认：no）
-e, --cut3：如果读取长度大于指定的最大长度，则强制修剪掉 3' 端尾部碱基（默认：no）
过滤：
-q, --end-quality <int>：修剪 3' 端直到达到指定的质量值（默认：0）
-Q, --mean-quality <int>：修剪前允许的最低平均质量值（默认：0）
-l, --min <int>：修剪后允许的最小读取长度（默认：18）
-L, --max <int>：修剪后允许的最大读取长度（默认：no limit）
-n：是否过滤掉高度退化的（包含许多 N）读取（默认：no）
-u：是否过滤掉未确定的 mate-pair 读取（默认：no）
-N, --fillNs：是否将修剪的碱基替换为 N（在 b 或 -m mp 情况下无效）（默认：no）
输入/输出：
-f, --format <str>：FASTQ质量值的格式：sanger|solexa|auto（默认：auto）
-o, --output <str>：输出文件的基本名称（默认：<reads>.trimmed）
-z, --compress：以 GZIP 格式压缩输出（默认：no）
-1, --stdout：重定向输出到 STDOUT，禁止使用 -b、-o 和 -z 选项（默认：no）
--qiime：为 QIIME 处理准备“barcodes.fastq”和“mapping_file.txt”（默认：no）
--quiet：不显示进度更新（默认：not quiet）
-A, --masked-output：为修剪后的读取写输出文件（修剪后的碱基转换为小写）（默认：no）
-X, --excluded-output：为被排除的读取写输出文件（默认：no）
其他：
-i, --intelligent：在 mate-pair 模式下，是否根据接头信息重新分配读取（默认：no）
-t, --threads <int>：并发线程数 [1, 32]（默认：1）

04 常用示例

skewer -Q 9 -t 2 -x adapters.fa sample.fastq -o trimmed
skewer -x AGATCGGAAGAGC -q 3 sample-pair1.fq.gz sample-pair2.fq.gz
skewer -x TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGT -l 16 -L 30 -d 0 srna.fastq
skewer -m mp -i lmp-pair1.fastq lmp-pair2.fastq
skewer -m ap --cut 0,6 --qiime -x forward-primers.fa -y reverse-primers.fa mix-pair1.fastq mix-pair2.fastq

 05 引用

Jiang, H., Lei, R., Ding, S.W. and Zhu, S. (2014) Skewer: a fast and accurate adapter trimmer for next-generation sequencing paired-end reads. BMC Bioinformatics, 15, 182.