在生信分析中大家需要特别注意的事情

标准的软件使用和数据分析流程

1. 先看我的b站教学视频

2. 先从我的百度网盘把演示数据集下载下来，先把要运行的模块的演示数据集先运行一遍

3. 前两步都做完了，演示数据集也运行成功了，并且知道了软件的每个参数该怎么填？演示数据集的文件在excel表中打开之后它是什子的？然后演示数据集的运行过程是什么样子的？运行的结果是什么样子？然后这些都做完了，都理解清楚，理解的很透彻之后再去运行你自己的数据。而且在运行数据的过程中尽量的把你的数据的列名文件内容结构跟演示数据的列名文件内容结构比较接近。这样的话就你自己的数据也会很顺利的。

也有一些朋友教学视频还没看，演示数据集也没有运行过，就直接开始运行自己的数据，由于对分析要填的参数没有理解透彻，填错参数，就会导致分析出错，大家在分析的时候，还是要严格遵循我上面说的三步走的流程来做，基本上每个分析都是很顺利的。

分析参数文件路径格式的注意事项

大家给要分析用到的文件路径或目录路径的时候，以D:/omics_tools/demo_data/scrnaseq/GSE189125/GSE189125_5prime_scRNAseq_seqbatchA_counts.txt.gz 这个文件为例，具体的标准规范写法如下：

1.路径首先应该是一个完整的路径，从D盘的盘符D:/根目录一直到最后的文件名用左斜杠连接起来的一个完整的文件路径，这些的文件基本上都是可以被识别和读取的，不要只给一个简单的文件名，这样就不知道这个具体是你电脑上哪个磁盘哪个目录的文件

2. 无论是给文件路径还是给目录路径的时候，所有的路径分隔符全都要用/这样的左斜杠，不要用\这样的斜杠，朝右的斜杠\是不规范的，这样的文件路径不容易被软件正常识别和读取，朝左的斜杠/是标准的文件路径的给法，这样运行起来基本上都是没问题的。大家可以先把文件路径在记事本里修改好，再复制粘贴给软件去分析运行。

单细胞，WGCNA等部分生信分析需要较大的运行内存，自己电脑内存配置不够的解决方法

电脑的运行内存基本上是所有生信分析的最大瓶颈，内存条对于生信分析和大数据分析的重要性远远超过了CPU和显卡，大家想做生信分析，电脑的运行内存基本上都是要越大越好，16G是可以做很多生信分析，大家电脑能拓展内存条的话，最好把电脑运行内存升级到32G,反正就是越大越好，内存越大，就支持运行很多耗内存的分析，能读取和分析更大的数据集文件。

当电脑运行内存不够，导致分析执行中断的解决办法：

1. 加装更大更多的内存条

2. 给电脑配置一下虚拟内存，具体教程可以看我下面的b站视频教程：

https://www.bilibili.com/video/BV1bm42137tz/

软件的更新升级方法

OmicsTools的更新和优化包括实时推送的日常小更新优化和版本整体的增量大更新，平时用户反馈参数的改动和新特性和一些问题我都会快速进行优化，用户只需要在任务管理器把OmicsTools相关的所有软件进程都关掉，再重新打开软件或者直接重启电脑系统，就能实时享受到最新的功能和解决掉反馈的故障问题，大版本的更新我每隔两周左右发一个新版本的安装包。

大家注意，进行软件的更新升级时候，一定要先在任务管理器把OmicsTools相关的所有软件进程都关掉，再重新打开软件或者直接重启电脑系统，这样软件的更新才会生效，只是把软件的窗口关掉，再打开软件的话，后台还有原来的进程的话，还是运行的之前的版本，是不会立即生效的，软件在彻底关掉进程重启或第一次打开的时候，要等待两分钟加载完成软件窗口会自动弹出，后续每次打开软件就很快了。

软件的更新的讲解可以看下面的这个视频：

https://www.bilibili.com/video/BV1oi421m7Ci/ 