介绍
1、AnnData 不是一个单一的表格,而是一个包含多个表格和矩阵的复杂数据结构,用于处理和存储单细胞基因组数据。
AnnData对象包含以下主要部分:
- var:基因的元数据(Pandas DataFrame格式),包含每个基因的属性信息。例如每个基因的ID、名称、染色体位置等。可以将其看作是基因(列)的属性数据。
- obsp:细胞之间的对称关系矩阵(通常是稀疏矩阵)。
- obsm:细胞的多维数据矩阵(Pandas DataFrame格式),如降维结果。
- X:核心数据矩阵,通常是细胞(行)和基因(列)的表达计数矩阵。
- obs:细胞的元数据(Pandas DataFrame格式),包含每个细胞的属性信息。每个细胞的类型、状态、处理条件。可以将其看作是细胞(行)的属性数据。
- layers:不同类型的计数矩阵(字典格式),如归一化后的计数矩阵、原始计数矩阵等。