孟德尔随机化R包:TwoSampleMR和MR-PRESSO安装

1. 孟德尔随机化R包

看一篇文章,介绍孟德尔随机化分析,里面推荐了这两个R包,安装了解一下:

Methods:Genome-wide association study (GWAS) data for autoimmune diseases and AMD were obtained from the IEU Open GWAS database and the FinnGen consortium. A series of stringent SNP filtering steps was applied to ensure the reliability of the genetic instruments. MR analyses were conducted using the TwoSampleMR and MR-PRESSO packages in R. The inverse-variance weighted (IVW) method served as the primary analysis, complemented by multiple supplementary analyses and sensitivity tests.

2. R版本为4.3.1

3. 安装TwoSampleMR

最新的版本为0.6.4(2024-06-12)。下面介绍三种安装方法:

第一种:

该包没有在CRAN中,在github中,可以通过下面命令安装。

# install.packages(‘devtools’)
devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

第二种:

用remote包进行安装:

install.packages("remotes")
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

第三种:

也可以直接安装:

install.packages("TwoSampleMR", repos = c("https://mrcieu.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org"))

如果让选择是否更新,可以选择1,全部更新。

然后就是漫长的等待,把每个依赖包都更新安装好:


安装成功,载入试试:

搞定。

4. 安装TwoSampleMR

安装代码:

devtools::install_github("rondolab/MR-PRESSO")

安装成功:


后面介绍一下这两个包的使用方法。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/bicheng/27969.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Three.js动效(第12辑):效果炫酷,但性能问题突出,如何破?

Three.js是一款强大的3D渲染引擎,但是在处理大量数据时,可能会出现性能问题。贝格前端工场结合过往经验,给大家几条性能优化的建议。 1. 减少渲染次数: 可以通过合并对象、使用InstancedMesh等方式减少渲染次数,从而…

Nginx+keepalived实现高可用

目录 主要功能 典型应用场景 优点 keepalived工作原理 Nginxkeepalived高可用实验 一. 环境准备 二. 下载并部署配置 对master和backup都操作 对master主机操作 对备用backup主机进行操作 验证当主节挂掉,VIP能否转义到备用机 "Keepalived" …

SpringBoot+Vue实现Excel文档导入和导出

1.准备工作 1.1.前端程序 在前端首先加上批量导出的按钮&#xff0c;如下 <el-button size"small" type"warning" plain click"exportData"> 批量导出 </el-button> 在添加了点击事件之后&#xff0c;在methods中要与之对应的添加上…

c#引用dll报错cs8370功能“本地函数特性“在c#7.3中不可用

cs8370:功能"本地函数特性"在c#7.3中不可用 解决方法&#xff1a; 代码放在form类里面

SJ703安全帽防静电测试仪

一、仪器用途 专门检测安全帽防静电性能。 二、仪器特征 1、携带使用轻便、量程宽广、读数准确&#xff0c;耐震性强等卓越优点 2、超上限时显示‘1’提示和低于下限时声响报警。 3、电池欠压时显示欠压符号“←”提示。 4、交流或直流&#xff08;电池&#xff09;供电任…

Java17 --- RabbitMQ之插件使用

目录 一、Federation插件 1.1、运行两个rabbitmq实例 1.2、启用插件 1.3、在下游端点添加上游端点 1.4、创建策略 1.6、测试 二、联邦队列 2.1、创建策略 2.2、创建交换机与队列 2.2.1、创建52000的队列与交换机 2.2.2、创建62000的队列 三、Shovel 3.1、启…

Echats-wordcloud 文字云图的踩坑点【Unknown series wordCloud】

在词云渲染时遇到渲染不出来的问题&#xff1a; 原因分析&#xff1a; 1、echart和wordcloud版本不匹配&#xff08;我的是匹配的&#xff09; 解决方案&#xff1a; 1、echart和wordcloud版本要匹配&#xff1a; echart4x 使用wordcloud1x版本 echart5x 使用wordcloud2x版本…

Echarts图表: 矩形树图都有哪些配置项,一文告诉你

Hello&#xff0c;本期和大家分享矩形树图的配置项&#xff0c;欢迎评论区和贝格前端工场互动交流。 一、矩形树图是什么 矩形树图是ECharts中的一种图表类型&#xff0c;用于展示树形结构的数据。矩形树图通过矩形的大小和位置来表示树形结构中节点的层次关系和数据的大小。…

实例化游戏物体的实例(生成游戏物体)

一、实例1&#xff1a;实例化 1、准备工作&#xff1a;制备预制体&#xff0c;命名。如Circle 2、Create Empty&#xff0c;名字自取。如&#xff1a;CirclePrefab 3、给CirclePrefab添加Test.cs public GameObject CirclePrefab; // 预制体变量&#xff0c;用于存储Circle预…

基于matlab的MTCNN(多任务卷积神经网络)人脸检测算法

关键词&#xff1a;Matlab&#xff1b;深度学习&#xff1b;多任务卷积神经网络&#xff1b;人脸检测&#xff1b; 背景 在不受约束的环境中&#xff0c;由于个体姿势的多样性、光照条件的变化以及潜在的遮挡问题&#xff0c;人脸检测和对齐任务面临诸多挑战。近期的研究表明…

Elasticsearch搜索引擎(高级篇)

3.1 查询语法 | 《ElasticSearch入门到实战》电子书 (chaosopen.cn) day09-Elasticsearch02 - 飞书云文档 (feishu.cn) 目录 第一章 DSL查询 1.1 基本语法 1.2 叶子查询 全文检索查询 精确查询 1.3 复合查询 算分函数查询 bool查询 1.4 排序 1.5 分页 基础分页 深度分…

numpy的基本操作

1.常用方法创建array print(np.array([1, 2, 3], dtype"f4"))# 32位浮点型 print(np.array([1.5, 2.2, 3]))# 默认浮点型 print(np.array([1, 2, 3, 4, 5], ndmin3))# 3维数组 print(np.array([range(i, i 5) for i in [1, 2, 3]]))# print(np.zeros(shape[5, …

从开源EPR产品Odoo学习

前言 一个先进、敏捷、经济高效、可快速扩展的Odoo免费开源企业信息化解决方案,让企业获得适应未来发展的长期创新和增长能力。 Odoo 的免费开源模式 让我们可利用无数开发人员和业务专家,在短短数年内,打造数百款应用。凭借强大的技术基础,Odoo 的框架是非常独特且优秀的…

LIMS(实验室)信息管理系统源码、有哪些应用领域?采用C# ASP.NET dotnet 3.5 开发的一套实验室信息系统源码

LIMS&#xff08;实验室&#xff09;信息管理系统源码、有哪些应用领域&#xff1f;采用C# ASP.NET dotnet 3.5 开发的一套实验室信息系统源码 LIMS实验室信息管理系统&#xff0c;是一种基于计算机硬件和数据库技术&#xff0c;集多个功能模块为一体的信息管理系统。该系统主…

前后端分离对于后端来说,是利好还是利弊呢?

前后端分离已经成为前端开发的主流模式&#xff0c;这种模式极大的解放了后端&#xff0c;让后端人员不再即当爹又当妈了&#xff0c;那么这种模式对于后端来说是利好还是利弊呢&#xff0c;如何趋利避害呢&#xff0c;贝格前端工场为大家分享一下。 一、什么前后端分离的开发…

Redis的一点入门了解

Redis NoSql概述 1、单机MySQL的时代 90年代&#xff0c;一个网站的访问量一般不会太大&#xff0c;单个数据库完全足够应付&#xff0c;技术上更多的会去使用静态页面html&#xff0c;对此服务器压根没多少压力&#xff1b; 但即使在这样的情况下&#xff0c;也会存在着一些…

【Linux】程序地址空间之动态库的加载

我们先进行一个整体轮廓的了解&#xff0c;随后在深入理解细节。 在动态库加载之前还要说一下程序的加载&#xff0c;因为理解了程序的加载对动态库会有更深的理解。 轮廓&#xff1a; 首先&#xff0c;不管是程序还是动态库刚开始都是在磁盘中的&#xff0c;想要执行对应的可…

IT入门知识博客文章大纲第一部分《IT基础知识》(1/10)

目录 IT入门知识博客文章大纲第一部分《IT基础知识》&#xff08;1/10&#xff09; 1.引言 2.第一部分&#xff1a;IT基础知识 2.1 计算机硬件 CPU&#xff1a;计算机的心脏 内存&#xff1a;数据的临时居所 存储设备&#xff1a;数据的长期仓库 输入输出设备&#xff1…

PostgreSQL基础(十四):PostgreSQL的数据迁移

文章目录 PostgreSQL的数据迁移 PostgreSQL的数据迁移 PostgreSQL做数据迁移的插件非常多&#xff0c;可以从MySQL迁移到PostgreSQL也可以基于其他数据源迁移到PostgreSQL。 这种迁移的插件很多&#xff0c;这里只说一个&#xff0c;pgloader&#xff08;非常方便&#xff0…

Coursera耶鲁大学金融课程:Financial Markets 笔记Week 01

Financial Markets 本文是学习 https://www.coursera.org/learn/financial-markets-global这门课的学习笔记 这门课的老师是耶鲁大学的Robert Shiller https://en.wikipedia.org/wiki/Robert_J._Shiller Robert James Shiller (born March 29, 1946)[4] is an American econ…