两个矩阵差异分析

进行两个矩阵的差异分析是常见的数据分析任务。以下是使用R语言进行两个矩阵差异分析的详细步骤。我们将使用一个具体示例来说明如何计算两个矩阵之间的差异。

示例数据

假设我们有两个矩阵 matrix1matrix2,分别代表不同条件下的基因表达数据。

# 创建示例矩阵
set.seed(123)
matrix1 <- matrix(rnorm(100, mean=10, sd=5), nrow=10)
matrix2 <- matrix(rnorm(100, mean=12, sd=5), nrow=10)# 添加行名和列名
rownames(matrix1) <- paste("Gene", 1:10, sep="")
colnames(matrix1) <- paste("Sample", 1:10, sep="")
rownames(matrix2) <- paste("Gene", 1:10, sep="")
colnames(matrix2) <- paste("Sample", 1:10, sep="")

差异分析

  1. 计算均值差异
    计算两个矩阵对应元素的均值差异。
# 计算均值
mean_diff <- rowMeans(matrix2) - rowMeans(matrix1)
mean_diff
  1. t检验
    对每个基因进行t检验,检查在两个条件下是否有显著差异。
# 计算t检验
t_test_results <- apply(matrix1, 1, function(row1, matrix2) {row2 <- matrix2[rownames(matrix2) == rownames(row1), ]t.test(row1, row2)$p.value
}, matrix2 = matrix2)# 将p值添加到结果中
t_test_results <- data.frame(Gene = rownames(matrix1), p_value = t_test_results)
t_test_results
  1. 多重检验校正
    使用Benjamini-Hochberg方法对p值进行多重检验校正。
# 多重检验校正
t_test_results$adjusted_p_value <- p.adjust(t_test_results$p_value, method = "BH")
t_test_results

结果解释

  1. mean_diff:显示每个基因在两个条件下的均值差异。
  2. t_test_results:显示每个基因的t检验p值和校正后的p值。

可视化差异

为了更直观地展示差异,可以绘制火山图(volcano plot)或箱线图(box plot)。

# 火山图
library(ggplot2)
volcano_data <- data.frame(Gene = rownames(matrix1), mean_diff = mean_diff, p_value = -log10(t_test_results$p_value))
ggplot(volcano_data, aes(x = mean_diff, y = p_value)) +geom_point() +theme_minimal() +labs(title = "Volcano Plot", x = "Mean Difference", y = "-log10(p-value)")# 箱线图
boxplot_data <- data.frame(Expression = c(as.vector(matrix1), as.vector(matrix2)),Condition = rep(c("Condition 1", "Condition 2"), each = length(matrix1)),Gene = rep(rownames(matrix1), times = ncol(matrix1) + ncol(matrix2))
)ggplot(boxplot_data, aes(x = Condition, y = Expression, fill = Condition)) +geom_boxplot() +facet_wrap(~ Gene, scales = "free") +theme_minimal() +labs(title = "Gene Expression Under Two Conditions")

这些步骤可以帮助您在R语言中进行两个矩阵的差异分析。如果您有进一步的问题或需要其他帮助,请随时告诉我。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/bicheng/27737.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

基于Matlab的车牌识别停车场出入库计时计费管理系统(含GUI界面)【W6】

简介&#xff1a; 在当今城市化进程加快的环境下&#xff0c;停车管理成为了一个日益重要和复杂的问题。城市中的停车资源有限&#xff0c;如何高效利用和管理这些资源&#xff0c;不仅关乎市民出行便利性&#xff0c;也涉及到城市交通拥堵、环境污染等诸多问题的解决。 传统的…

【转】PG 插件大全,留着学习用

转自&#xff1a;PostgreSQL插件_postgresql 插件-CSDN博客 PostgreSQL插件_postgresql 插件-CSDN博客

Denoising Prior Driven Deep Neural Network for Image Restoration

之所以能够检索到这篇论文是想看看该论文是如何利用多尺度相似性解决图像去噪问题&#xff0c;除了摘要和结论&#xff0c;论文中两次提到这个术语。next section是指section 4。然后整个section 4&#xff0c;根本没有提多尺度的事儿&#xff0c;更别说解决了。又看了一下The …

【idea】解决springboot项目中遇到的问题

一、Maven报错Could not find artifact com.mysql:mysql-connector-j:pom:unknown in aliyunmaven解决及分析 报错 创建springboot项目&#xff0c;勾选数据库驱动&#xff0c;springboot版本为3&#xff0c;现在改成了2.7.2&#xff0c;Maven就发生了报错Could not find art…

CCAA质量管理【学习笔记】​​ 备考知识点笔记(三)质量管理方法与常见工具

第二部分 质量管理领域专业知识 《质量管理体系基础考试大纲》中规定的考试内容&#xff1a; 3.2 质量管理领域专业知识 a) 了解质量管理方法与工具相关知识&#xff0c;包括&#xff1a; 质量管理方法与工具的内涵与作用、发展历程与应用现状、分类与选择常用的应用软件…

Vue使用vue-esign实现在线签名 加入水印

Vue在线签名 一、目的二、样式三、代码1、依赖2、代码2.1 在线签名组件2.1.1 基础的2.1.2 携带时间水印的 2.2父组件 一、目的 又来了一个问题&#xff0c;直接让我在线签名&#xff08;还不能存储base64&#xff09;&#xff0c;并且还得上传&#xff0c;我直接***违禁词。 好…

每日5题Day25 - LeetCode 121 - 125

每一步向前都是向自己的梦想更近一步&#xff0c;坚持不懈&#xff0c;勇往直前&#xff01; 第一题&#xff1a;121. 买卖股票的最佳时机 - 力扣&#xff08;LeetCode&#xff09; class Solution {public int maxProfit(int[] prices) {if(prices.length 1){return 0;}//dp…

【Qt实现绘制3D图形】

在Qt中实现绘制3D图形可以使用Qt 3D模块。Qt 3D模块提供了一个用于创建3D图形的框架&#xff0c;可以用于渲染、动画和交互。你可以使用Qt 3D中的实体&#xff08;Entity&#xff09;、组件&#xff08;Component&#xff09;和场景&#xff08;Scene&#xff09;等概念来构建和…

TJA1145休眠唤醒调试

目录 项目场景:TJA1145引脚图问题描述SPI链路验证休眠唤醒休眠唤醒配置唤醒报文配置代码相关寄存器:模式寄存器使能CAN唤醒设置唤醒边沿检测事件状态及捕获寄存器CANFD报文不会被识别为有效的唤醒帧项目场景: 最近开发过程中,选择了这颗芯片,踩了很多坑,总算是把这个芯片…

mysql报错Access denied for user ‘root‘,navicat可以连接mysql,spring不能连mysql

首先修改配置文件跳过验证&#xff0c;编辑你自己挂载的配置文件的位置 #查找my.cnf位置 sudo find / -name "my.cnf"编辑mysql配置文件 vim /opt/soft/mysql/conf/my.cnf #在[mysqld]下面添加 skip_grant_tables#重启mysql docker restart mysql#进入容器 docke…

在 Windows 环境下安装mysql步骤(MySQL)

文章目录 一、下载 MySQL二、解压安装包到磁盘三、配置环境&#xff08;管理员权限&#xff09;四、安装 MySQL&#xff08;管理员权限&#xff09; 一、下载 MySQL 如下图&#xff1a;为你的电脑下载对应操作系统的 MySQL 安装包 二、解压安装包到磁盘 三、配置环境&#x…

抽象工厂模式(大话设计模式)C/C++版本

抽象工厂模式 C 参考&#xff1a;https://www.cnblogs.com/Galesaur-wcy/p/15927110.html #include <iostream> using namespace std;// 抽象产品Department ,定义具体产品的公共接口 class Department { public:virtual ~Department() default;virtual void Insert()…

CC2500和CC1101移植说明

主要通过如何移植、移植注意、关于芯片配置、如何生成导出配置四大步骤来说明CC2500和CC1101移植 首先通过下图1这个宏进行选择 如何移植 要移植的部分在 CC2500_hal.c 和 CC2500_hal.h中, 搜索 "//移植" 就可以定位到 库 所需的依赖, 需要根据 您的环境实现这些…

(done) 什么是 perplexity 困惑度?

参考&#xff1a;https://www.youtube.com/watch?vB_2bntDYano 困惑度 perplexity 是一种用来衡量语言模型性能的度量&#xff0c;类似于交叉熵。 困惑度越低越好&#xff0c;越低说明一个模型越好。 一个典型的公式在下面&#xff1a;

Python学习打卡:day06

day6 笔记来源于&#xff1a;黑马程序员python教程&#xff0c;8天python从入门到精通&#xff0c;学python看这套就够了 目录 day648、函数综合案例49、数据容器入门50、列表的定义语法51、列表的下标索引1、列表的下标&#xff08;索引&#xff09;2、列表的下标&#xff08…

ubuntu 22.04 升级到24.04

Ubuntu 22.04升级到Ubuntu 23.04命令整理_ubuntu22升级23-CSDN博客 step1. sudo apt update sudo apt upgrade sudo apt dist-upgrade step2. sudo apt autoremove step3. sudo apt install update-manager-core step4. sudo vim /etc/update-manager/release-upgrades 将 Prom…

低压高频处理器

低压高频处理器相对于其他类型的处理器&#xff08;如标准电压处理器或者高性能桌面处理器&#xff09;具有一些明显的区别和特点&#xff1a; 功耗和热量管理&#xff1a; 低压高频处理器&#xff1a;以低电压运行&#xff0c;因此整体功耗较低&#xff0c;能够显著延长电池续…

CCAA质量管理【学习笔记】​​ 备考知识点笔记(四)

第四节 质量非数据资料分析的基础工具 1 关 联 图 2.1 概念 所谓关联图&#xff0c;就是对关系复杂而相互纠缠的问题&#xff0c;依据原因—结果或目的一手段等关系&#xff0c; 在逻辑上用箭头把各要素之间的因果关系连接起来&#xff0c;厘清复杂问题、整理语言文字资料…

技术转管理,是灾难还是奇迹?

深耕技术or转战管理&#xff1f;this is a question! 如果你还没有想好&#xff0c;那请继续往下看&#xff01; 技术专家&#xff1a;技术前瞻者、方案构建者、难题破解者、团队聚核者 管理专家&#xff1a;战略规划者、高效组织者、变革引领者、团队建设者 特点和重心都不在…

spring属性注入的不细心错误

属性注入问题 个人博客:www.zgtsky.top 同个的对象&#xff0c;在一个类中注入成功&#xff0c;在另一个类中注入为null 问题&#xff1a;在检测各个需要的类上已经打上注解后&#xff0c;出现了在一个类A1中注入B属性成功了&#xff0c;但在另一个类A2中注入B属性却失败了。…