读书笔记三：《生物信息学与功能基因组学》第十一章第三部分

分子系统发生分析的四个步骤

在《生物信息学与功能基因组学》第十一章的第三部分中，作者详细阐述了分子系统发生分析的四个关键步骤，这些步骤构成了研究生物分子进化的基础。

第一步：选择可供分析的序列

系统发生分析的第一步是选择合适的DNA、RNA或蛋白质序列进行研究。选择哪种类型的分子序列取决于研究目标和所要解决的科学问题。例如，蛋白质序列可能因其较低的替换率而适用于研究远缘物种间的进化关系，而DNA序列可能因其包含的信息量丰富而更适合于研究近缘物种间的细微差异。

第二步：同源蛋白或核酸序列的多重序列比对

第二步是进行同源蛋白或核酸序列的多重序列比对。这一步骤是系统发生分析中非常关键的一环，因为错误的比对可能导致错误的进化树。比对的准确性直接影响到后续构建系统发生树的可靠性。

第三步：构建系统发生树

在得到准确的多重序列比对后，第三步是构建系统发生树。系统发生树的构建可以通过多种方法实现，包括基于距离的方法、最大简约法、最大似然法等。选择合适的方法取决于数据的性质和研究者的具体需求。

第四步：进化树的评估

最后一步是对构建的系统发生树进行评估。评估的目的是确定树的准确性和可靠性。常用的评估方法包括引导检测（Bootstrap）和替代方法，如Jackknife。这些方法通过重复随机抽样来评估系统发生树中每个分支的支持度。

反思与总结

通过阅读本部分内容，我对分子系统发生分析的整个流程有了更清晰的认识。从序列的选择到比对，再到系统发生树的构建和评估，每一步都至关重要。同时，我也意识到了在实际研究中需要综合考虑多种因素，如序列的同源性、比对的准确性、构建方法的选择以及评估的可靠性。

此外，对于分子时钟假说的局限性，我认识到在应用时需要谨慎，并结合其他证据进行综合判断。这些认识对于我在未来的研究工作中正确地进行分子系统发生分析具有重要的指导意义。

在下一篇读书笔记中，我将继续探讨本章的其他主题，包括系统发生树的专用名词、树的拓扑结构和分支长度的意义，以及如何通过系统发生分析来推断生物分子的进化历程。

---

我创建了一个生信行业交流群，有兴趣的小伙伴可以加v bbplayer2021,或者后台私信，大家共同进步